هذا بالنسبة للتبعية العامة، أما السلطة الفعلية فكانت لأسر تنتسب أو تدَّعي الانتساب إلى الحسن والحسين أبناء علي بن أبي طالب. فقد سيطر بنو موسى باسم الفاطميين (359- 453 هـ/969- 1061م)، ثم جاء بنو هاشم (بنو فليته) في الفترة (453- 598 هـ/1061- 1201م).
ثم حكم الحجاز أسرة الشريف قتادة بن أدريس من سلالة الحسن بن علي، وتبعت الأيوبيين فالمماليك، ثم العثمانيين، واستمر حكمها في الفترة (598- 1343 هـ/1201- 1924م). وكانت المدينة المنورة تخضع لأشراف ينتمون إلى الحسين ابن علي، وتتبع مكة غالبًا.
كان الصراع والتناحر على الشرافة على أشده بين أبناء هذه الأسر مما يؤدي إلى تدخل الدول الحاكمة مثل الأيوبيين والمماليك في بعض الأحيان.