استشهد رضي الله عنه في مؤامرة دبَّرها بعض أعداء الإسلام من اليهود والفرس (الحاقدين عليه، لكونه سبب زوال ملكهم).
فمات نتيجة طعنات تلقاها أثناء صلاته من أبي لؤلؤة المجوسي (مولى فارسي) بخنجر مسمومة، وقبل موته اختار ستة صحابة من المبشرين بالجنة وهم عثمان وعلي وطلحة والزيير وابن عوف وابن الوقاص، وأوصى هؤلاء الستة أن يختاروا واحدًا من بينهم خليفة.
كانت وفاته في ذي الحجة (23هـ/643م)، ودامت خلافته عشر سنوات.