ورغم ما يقوم به المسجد من وظائف ومهمات، إلا أنه قد توجد بعض العوامل التي تؤثر سلبًا عليه؛ مما يعوقه عن أداء رسالته على الوجه الأمثل، ولعل أهم هذه العوامل باختصار تتمثل في:
أ- عدم ارتياد الأطفال والمراهقين المساجد بسبب غياب الأب عن المنزل أو افتقاد القدوة الحسنة فيه لعدم ذهابه هو للمسجد أو عدم صلاته أصلا.
ب- اتخاذ بعض الأئمة الإمامة والخطابة وظيفة، وليست رسالة.
ج- ضعف بعض الأئمة أو عجزهم عن توصيل المعلومة.