خامسًا: عيوب التخريج بواسطة موضوع الحديث:

1- تعدد موضوعات الحديث الواحد؛ فربما اختار المصنِّف ذكر الحديث في غير موضعه المتبادر للباحث.

2- صعوبة تحديد موضوع الحديث في بعض الأحيان.

3- عدم معرفة الباحث أحيانًا ترتيب بعض الكتب التي ربما سار فيها المصنِّف على غير المألوف.

4- عدم سير المصنِّفين على سَنَن متشابه في عناوين الكتب والأبواب الفقهية؛ فربما عنون المؤلف للباب بعبارة تخفى على بعض الباحثين، فلا يهتدي لكون حديثه مذكورًا في هذا الموضع.

5- ربما وضع العلماء للحديث الواحد جملة من العناوين لا تنتظم في سياق واحد، وربما كان ذلك في مصنَّف واحد، ولكن مع الوقت يتدرب الباحث على مناهج المصنِّفين وطرائقهم في الترتيب؛ فيألف عادتهم وتستقيم له.