دخل الإسلام عن طريق التجار العرب، ويروى أنهم وصلوا إلى ملقا سنة 675 هـ/1276 م. فأسلم ملك ملقا على يدهم وأسموه (محمد شاه)، فأسلم الشعب، فكانت ملقا أول مملكة إسلامية هناك. فانتشـر الإسلام في المناطق المجاورة. ومنها وصل الإسلام إلى أندونيسيا والفلبين. واتجه العلماء للدعوة هناك.
غزاها البرتغاليون في القرن 10 هـ/16 م، ثم تلاهم الهولنديون 1051- 1210هـ/1641- 1795 م، ثم خضعت للاستعمار البريطاني سنة 1230 هـ/1814 م. استولى عليها اليابانيون خلال الحرب العالمية الثانية ثم عادت لبريطانيا بعد الحرب. أعلن استقلال ماليزيا سنة 1377 هـ/1957 م، ثم أقيم اتحاد ماليزيا من 11 إقليمًا وضم صباح وسرواك، كما ضم سنغافورة، وأعلنت ملكية دستورية سنة 1383 هـ/1963 م. في سنة 1385 هـ/1965 م انسحبت سنغافورة ثم بروناي من هذا الاتحاد.
في 1420هـ/1999م ثم اختيار صلاح الدين عبد العزيز شاه الحاج سلطانًا للبلاد (لمدة خمس سنوات) بدلًا من توانكو جعفر, ثم خلفه بعد وفاته سيد سراج الدين، ثم ميزان زين العابدين، وفي عام 2011م تولى/الملك عبد الحليم معظم.