هبت للخوارج عاصفة قوية في عهد الرشيد كان يقودها رجل ذو بأس شديد، هو الوليد بن طريف (الشاري).
وقامت ثورته سنة 178 هـ في الجزيرة، واستطاعت جيوش الخلافة القضاء عليه بعد جهد جهيد.
الزنادقة: تغلبوا على جرجان وعاثوا فيها بالفساد، فقضي عليهم سنة 181 هـ/797 م.
نكبة البرامكة: وهم من أصل فارسي مجوسي. وكان لهم نفوذ كبير وسيطرة واسعة أيام الرشيد. حيث جعلهم أمراء ووزراء، فتحكموا بالدولة ومقدراتها. ثم قضى عليهم الرشيد. وأنهى وجودهم سنة 187 هـ/802 م، لأسباب غير واضحة، واختلف المؤرخون كثيرًا في تلك الأسباب.
ثورة خراسان: قامت ثورة عنيفة في خراسان قادها رافع بن ليث بن نصر بن سيار نتيجة استبداد وتعسف والي خراسان، فعزل الرشيد هذا الوالي وحبسه ولكن الثورة استمرت، وقد استمر رافع في سلطانه حتى خضع للمأمون.