فعاد هؤلاء المتمردون إلى المدينة، فحاصروا دار عثمان، أرسل عثمان إلى الولاة يطلب إرسال جند إلى المدينة.
اختل النظام في المدينة، طلب عثمان من الصحابة الذين معه ألا يقاتلوا، وألح عليهم في ذلك، فقد أراد أن لا يحدث شيء بسببه.
وصلت الأخبار بقرب وصول المدد، فخاف المنحرفون، ودخلوا دار عثمان، عبر السور، فقتلوه، ونهبوا بيت المال، وكان أمر الله قدرًا مقدورًا، وكان ذلك في ذو الحجة عام (35هـ/656م) فكانت مدة خلافته (12) عامًا.
ملاحظة: ولعل من المناسب أن نذكر أن القتلة الحقيقيين كانوا قلائل عرف منهم الغافقي الذي فر، ولم يعرف الآخرون. ولهذا أسند قتل عثمان إلى الثائرين المتمردين، مما وسع الهوة وسبب ألوانًا من النكبات عانى منها العالم الإسلامي.